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宇宙世紀0079年。地球総人口の半数が宇宙を故郷にして五十年。サイド３というスペースコロニーがジオン公国を名乗って地球連邦政府に独立戦争を挑んできた。建設途上にあったスペースコロニー・サイド７に住むアムロを初めとする少年少女たちは、ジオン軍の攻撃の中、連邦軍の新型強襲揚陸艦ホワイトベースを駆ってサイド７を離れ、地球にある連邦軍本部シャブローへ向った。彼らの背後を、ジオン軍の“青い巨星”ランパ・ラル率いる独立部隊が追う。少年たちは疲労し、アムロは指揮官ブライトと対立、ガンダムと共に艦を降りた。しかし、ラルの攻撃に再び船に戻るアムロ。凄絶な戦いでラルは自爆した。ジオン軍の攻撃は続き、リュウ、マチルダが戦死、少年たちは悲しみに沈む。戦いは連邦軍の優勢で進み、ホワイトベースはヨーロッパ基地へ辿り着き、そこで修理することになった。少年たちの一人カイは街でジオンの女スパイ、ミハルと恋に落ちた。修復を終えたホワイトベースは、シャブローへ向けて飛び立ったが、艦内にはミハルが潜入していた。しかし、ミハルは自分の妹弟と同年齢の少年たちの姿に非を悟り、ジオンの攻撃に立ち向かうが、不幸にもその身を大西洋に沈めた。なんとかシャブローにホワイトベースは到着した。その頃、地球連邦軍本部は宇宙戦略を急ぐことを決定、囮としてホワイトベースが地球を飛び立った。それを追う、シャア。少年たちは、本部の決定にもはや逆らうことも許されず、激化の一途をたどる戦争に以前にも増して深くかかわっていく。その中で、アムロ、ミライ、カイの戦士としての素質が開花しつつあった。