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1999年、東京。工事現場など生活のいたるところでレイバーと呼ばれるロボットが活躍している。警察においてもパトレイバーが導入されていた。ちょうどその頃、レイバーは更新時期に入り、頭脳を操るコンビーュータＯＳはＨＯＳという新型ＯＳに書き換えられていた。ある日、自衛隊レイバーを始めとするレイバーの謎の暴走事故が発生、パトレイバー隊が調査に乗り出した。東京を壊滅できるだけのコンピュータ・ウイルスが仕掛けられた計画的犯罪で、ＨＯＳが関係しているとわかるが、その開発者は自分のデータを消して姿をくらましていた。東京湾岸では東京の土地問題を一挙に解決しようと今世紀最大の洋上工事計画＝バビロン・プロジェクトが推進されていた。ここには全国で稼動中の45％のレイバーが集中し、その整備は洋上プラットホーム＝方舟で行われていた。やがてパトレイバーはＨＯＳがある条件下で暴走することをつきとめるが、それは方舟だった。そしてその日は刻々と迫っていたのだった。