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地底を支配する恐竜帝国の帝王ゴールは地上征服を狙って、東京ジャック作戦を実施する。帝王ゴールの命を受けたメガザウルスは東京近郊の駅、変電所、鉄橋などを破壊し始める。帝王ゴールは東京を人間ごとそっくり奪おうというのである。一方、メガザウルス出現のニュースを聞いた早乙女博士はミチル、元気、そしてリョウ、ハヤト、ムサシを呼び寄せ、東京の偵察を命じる。コマンド・マシンに乗ったミチルは、地割れしている後を追い、メガザウルスを発見する。ミチルは小型ミサイルを撃ち込むが、逆に、メガザウルスの角でコマンド・マシンの翼を折られてしまう。その後、研究所に戻ったリョウ、ハヤト、ムサシはミチルが重体でベッドに寝ているのを見てビックリ、三人は競争で医者を呼びに行く。サイドカーに乗るリョウ、オートバイに乗るハヤト、走るムサシだが、リョウはメガザウルスに行き当たってしまう。そこでハヤトは医者を連れ研究所へ、リョウはメガザウルスを追跡する。リョウはメガザウルスの隠れ場所を突き止め、早乙女博士に報告するのだった。早乙女博士は｢東京を救うには、メガザウルスを倒せ!｣と三人に命じ、リョウ、ハヤト、ムサシはイーグル号、ジャガー号、ベアー号に乗りメガザウルスの攻撃に出発する。まず、メガザウルスを発見したゲッター1は、ゲッター・トマホークで攻撃する。しかしメガザウルスは転げまわってますます荒れ狂っていく。そこで三人が協力し、ゲッター1、2、3は合体、攻めまくるのである。そのとき、近くの港に恐竜艇が現れるのである。三人の中で一番の怪力の持ち主ムサシはメガザウスルを持ち上げ、恐竜艇にぶつけるのである。そして恐竜艇とメガザウルスは同時に爆発し、海底へと消えていった。

(C)ダイナミック企画・東映アニメーション