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南海のある島に、秋山は昆虫採集に来ていた。彼は飛行機が墜落するのを目撃した。その飛行機は水爆を搭載してベトナムへ向かう途中の米軍戦略爆撃機だったが、一万メートルの高度で昆虫の大群に遭遇し、墜落したのだ。グアム島の司令部では、ゴードン中佐に水爆回収の作戦が下された。米軍捜索隊は島の洞窟に、アゴの肉をえぐり取られて死んでいる機長と副操縦士、そして記憶を喪失しているチャーリーを発見。一方秋山は軍用時計を拾ったことから機長と副操縦士の殺人容疑をうけてしまった。秋山は昆虫採集の依頼主である東京生物科学研究所の南雲と、近くの島に住むアナベルに無実の証言を頼んだ。チャーリーのうわごとから、機長たちは洞窟の中で、昆虫の大群に襲われたことを知った。秋山は、東京の裁判所に連行されるという朝、妻のゆかりに子供が出来たと知らされ脱走して、アナベルの許に逃げ込んだ。しかし、アナベルは細菌戦用の研究をしている、Ｘ国の一味で、意識を回復したチャーリーをさらっていたのだ。そして、猛毒を持った虫を集め、米軍の皆殺しを図っていた。チャーリーは毒虫の犠牲になり、狂って街に出たところをゴードンに射殺された。一方すべてを知った秋山は、南雲と落ち合った。南雲は自らの身体を使って、毒虫に対する解毒剤を発見した。しかし、昆虫は南雲の口を借りて奇怪なことをしゃべったのだ。「人類が自分の核兵器で滅ぶのは勝手だが、我々が巻き添えを食うのは御免だ。人間を皆殺しにする」と・・・。